Il est impossible de garantir l'authenticité des copies du moyen âge. Le passage peut avoir été modifié, ou même entièrement inséré. Quand aux mentions d'Eusèbe de Césarée, ce n'est pas un historien. C'est un évêque et il admet lui même mettre dans ses écrits « uniquement les événements qui peuvent être utiles d'abord à nous-mêmes, ensuite à la postérité » (Wikipédia). Nombre d'historiens jettent des doutes également sur la qualité des écrits de Josephus.

Concernant plus particulièrement la crédibilité du « Testimonium » :
- Le texte fait l'apologie du christ au sens chrétien. Mais Josephus était juif. Aucun document ne fait état d'une conversion. Il est donc douteux qu'il ait pu écrire ce texte de cette manière.
- La fin du passage laisse penser que le texte a été écrit longtemps après les faits, mais Josephus écrivait soixante ans après-ceux-ci.

Jacques Giri ajoute: « [ce passage] n'est jamais cité par les pères de l'Église du iie siècle et iiie siècle qui ont lu Josèphe. Et en même temps après le ive siècle, certains écrivains chrétiens qui ont lu Josèphe, comme Photius par exemple, n'en parlent pas, comme si l'exemplaire des Antiquités judaïques qu'ils ont eu entre les mains ne contenait pas ce passage.* »

* Les nouvelles hypothèses sur les origines du christianisme: enquête sur les recherches récentes, éd. Karthala, 2007,  76-77